與IdeS不同，融合蛋白是通過將兩種或多種蛋白質或肽的功能組合成一個量身定制的分子來創造的，以專門應對挑戰。連接此類蛋白質或肽結構域的常見方法是包含柔性連接子。這些連接子通常富含甘氨酸，例如甘氨酸殘基（G），或甘氨酸殘基散布絲氨酸殘基（GS）以形成重復序列。這為連接子提供了足夠的靈活性，不會干擾連接蛋白質結構域的功能。然而，這些新模式帶來了新的分析挑戰，需要新的工具來促進表征和產品質量監測。中級分析已成為分析單克隆抗體療法的標準方法，涉及將分子消化成幾個定義的亞基。它們足夠小，可以獲得高質量的質譜圖，并為產品質量屬性提供特定領域的信息。由于G和GS連接子對常見蛋白酶的降解具有抗性，因此很難分離結構域以進行深入分析。因此，Genovis開發了GlySERIAS，不同于IdeS酶，一種消化柔性富含甘氨酸的連接子的酶。GlySERIAS可以分離不同的功能域，并實現對融合蛋白、多特異性抗體和含有富含甘氨酸的連接子的各種mAb片段進行詳細表征的中級方法。這就是為什么Fc/2和GLP-1肽都被檢測為幾種變體。云南FabDELLOIdeS蛋白酶蛋白組學

與IdeS不同，Genovis的GingisREX（RgpB）是一種精氨酸特異性蛋白酶，可消化精氨酸殘基的C末端蛋白質，包括難以與其他酶消化的Arg-Pro鍵。該酶可用于肽圖分析、從頭肽測序和翻譯后修飾分析。精氨酸殘基的特異性C-末端消化；在其他困難的精氨酸-脯氨酸序列中可靠消化；產生更長的肽-提高序列覆蓋率。GingisREX是一種半胱氨酸蛋白酶，可特異性地消化肽鍵C末端到精氨酸殘基，包括與脯氨酸相連的精氨酸。半胱氨酸是酶活性所必需的。與胰蛋白酶消化相比，可生成更長的肽，胰蛋白酶消化可以通過高分辨率質譜進行分離和鑒定。這為自下而上方法的樣品制備提供了更多選擇，以實現替代的酶解曲線和更高的序列覆蓋率。GingisREX在賴氨酸上沒有活性，通常使用Arg-C觀察到。該酶在5.0-9.0的寬pH值范圍內具有活性，它需要半胱氨酸并被鹽酸胍抑制。該酶是從牙齦卟啉單胞菌中純化的。廣東GlySERIASIdeS蛋白酶蛋白組學孵育時間為過夜（16-18小時），并且由于酶的特異性，沒有過度消化的風險。

樣品制備的條件可能會在樣品中誘發偽影，因此需要避免高溫和堿性pH值進行質譜分析。如果可能的話，避免多個步驟并在一鍋反應中進行消化和還原也可能是有益的。與IdeS不同，為了探索Genovis的GingisREX對離液劑和去液劑的穩定性和耐受性，在一系列試劑中測試了酶活性，并使用底物測定進行了評估。數據顯示，GingisREX在6M時耐受尿素，吐溫高達1%，但活性在0.1%時受到SDC的負面影響。該酶在 pH 值范圍為 5.0 至 9.0 時顯示出活性，在 pH 值為 6.5-8.0 之間。綜上所述，GingisREX可用于一鍋反應，以同時消化和變性6M尿素。與Genovis的IdeS不同，雙特異性 T 細胞接合器 （BiTE） 分子是一種融合蛋白療法，其中兩個 scFv 融合，形成一個雙特異性分子，其中一個 scFv 靶向細胞毒性 T 細胞，另一個靶向Ai癥抗原。該蛋白質由四個蛋白質結構域組成，兩個 scFv 均由 VL 和 VH 區域組成，總共由三個柔性 GS 連接子連接。這種蛋白質的大尺寸（54 kDa）可能對通過完整質譜法進行產品質量監測構成挑戰，因為標準MS儀器可能無法提供蛋白質的單同位素分辨率。

為什么客戶想在他們的工作試用Genovis的FabRICATOR（IdeS）。FabRICATOR的高特異性(在鉸鏈下方有單個消化位點)以及它對IgG種和亞類表現出活性的事實使其成為高效表征一系列不同分子的理想工具。FabRICATOR的另一大優勢是速度。在大多數IgG上，您可以在短短30分鐘內生成F(ab’)2和Fc/2片段，這一速度簡化了方法開發，并允許快速有效的中層表征，使客戶能夠在不比做完整質量實驗長太多的時間內獲得更多關于分子的信息。Genovis發現更多的緩沖液與溶液中的FabRICATOR消解相容（更多信息）。Genovis已經測試了PBS和150mM醋酸銨，pH7，結果良好。并且應該也適用于FabRICATORHPLC。然而，緩沖液的離子強度會影響抗體片段在FabRICATORHPLC（IdeS）色譜柱上的保留，并且IgG1亞基需要至少100-150mM鹽才能洗脫為單個窄峰。其他IgG亞類或融合蛋白可能需要對緩沖液組成進行一些優化。Genovis的FabRICATOR MagIC適用于自動化平臺。

Genovis的半胱氨酸蛋白酶 FabALACTICA （IgdE）與IdeS酶一樣是特異性蛋白酶。在二維核磁共振波譜 （2D-NMR） 之后，可以通過 HOS 分析在精確的原子水平上評估 mAb 的關鍵質量屬性。從Genovis的FabALACTICA Immobilized獲得均相Fab和Fc片段的工作流程，是評估嵌合單克隆抗體英夫利昔單抗中HOS的理想選擇，在海報“FabALACTICA產生純和均相的mAb亞基，促進2D-NMR波譜分析”中進行了描述。來自生成的 Fab 和 Fc 片段的高質量信號和光譜分辨率導致能夠觀察 Fab 和 Fc 之間的結構變化、氧化和非氧化樣品之間的差異，并通過觀察原子分辨率來比較原研劑和生物仿制藥的 HOS。Genovis提供的IgASAP Sub1+2 在鉸鏈上方的一個特定位點消化人 IgA1 和 IgA2m1，產生完整且均勻的 Fab 和 Fc 片段。江蘇GlySERIASIdeS蛋白酶

Genovis亞基分析比肽圖譜具有簡單快速的巨大優勢，更適用于高通量的檢測，并可用于支持肽圖分析。云南FabDELLOIdeS蛋白酶蛋白組學

Blinatumomab（一種對 CD19 和 T 細胞標志物 CD3 具有特異性的 BiTE 分子）的研究級生物仿制藥在室溫下用固定化過夜的 Genovis的GlySERIAS 消化。通過LC-MS對消解樣品的直接分析表明，所有三個連接子區域均被消解，α-CD3 VL和VH鏈洗脫為一個色譜峰，α-CD19 VH和VL鏈作為單獨的峰洗脫。來自連接的 α-CD3 VH 和 α-CD19 VH 結構域的小峰顯示該短連接子未完全消化，表明 GlySERIAS 對短連接子的活性較低。與完整的蛋白質分析相比，四個結構域的分離提供了具有單同位素分辨率的高質量光譜。可以觀察到每個結構域的幾個不同變體，剩余的連接子殘基數量不同。在色譜分離過程中，α-CD3 VH結構域無法從α-CD19 VH結構域完全基線分離，導致在相關質譜中觀察到一些共洗脫。四個結構域的分離產生了有關在完整蛋白質水平上鑒定的蛋白質修飾位置的信息。例如，在完整水平上鑒定的 37 Da 的蛋白質修飾被分配給 α-CD3 VH 鏈。此外，240Da 和 320da 的兩個修飾分別被分配給 α-CD3 VL 結構域。后者還含有一個帶有五六個組氨酸殘基的 His 標簽。這些數據證明了使用 Genovis的GlySERIAS Immobilized 對包含多個柔性連接子蛋白進行質量控制的中級工作流程的強大功能。云南FabDELLOIdeS蛋白酶蛋白組學